Фамилия Бабоходжаев — одна из тех, что с первого взгляда выдают сложную восточную родословную. Она образована по классической для Средней Азии модели: к личному имени или прозвищу добавили русский патронимический суффикс -ев, который в XIX — начале XX века часто получали при переходе в российское подданство или при записи в метрические книги. Основа фамилии — составное имя Бабоходжа, где «Бабо» (от персидского и тюркского «баба» — отец, дед, уважаемый старец) соединяется с «ходжа» (почётный титул, восходящий к арабскому «хваджа» — господин, хозяин, а также потомок пророка или религиозный наставник). Таким образом, имя Бабоходжа буквально означает «почтенный старец-ходжа» или «дед-наставник».

Словообразовательная модель здесь двойная: сначала сложение двух семантически близких компонентов (оба указывают на высокий статус и возраст), затем русификация через суффикс -ев. Фамилия не имеет вариантов с суффиксами -ов или -ин, что типично для фамилий, оформленных в канцеляриях Туркестанского генерал-губернаторства. Географически фамилия почти наверняка связана с Узбекистаном или Таджикистаном — именно там имена с компонентом «ходжа» особенно распространены среди потомков духовенства и купечества. Встречается она и у выходцев из этих регионов в России, но крайне редко.

Интересная деталь: в отличие от многих арабо-персидских имён, где «ходжа» стоит на первом месте (например, Ходжабай), здесь порядок обратный — «Бабо-ходжа». Это может указывать на то, что имя давалось в честь конкретного предка по имени Бабо, который имел титул ходжи, или же это народное прозвище, где «баба» подчёркивает почтенный возраст, а «ходжа» — социальную роль. В любом случае, носитель фамилии Бабоходжаев происходит из среды, где родословная и религиозный авторитет ценились превыше всего, а сама фамилия — не столько указание на профессию, сколько маркер принадлежности к определённому сословию или роду.