Фамилия Бабаходжаев образована от мужского тюркского имени Бабаходжа, которое в переводе на русский язык означает «уважаемый, солидный хозяин; старший хозяин». Вероятно, нарекая ребёнка таким именем, родители желали своему сыну вырасти достойным, влиятельным человеком.