Фамилия Бобоустоева звучит непривычно для русского уха, но её строение выдает в ней фамилию восточного происхождения. Разбор по составу показывает, что она образована от имени или прозвища Бобоусто, к которому добавили русский суффикс принадлежности -ев (в женском роде — -ева). Это типичная модель для народов, попавших в орбиту Российской империи: местное имя получало русское окончание, и так возникала фамилия.

Корень «Бобо» — один из самых распространенных в тюркских и иранских языках. В переводе с таджикского, узбекского или персидского «бобо» означает «дед», «предок», «старейшина» или «святой отец». Часто это слово входило в состав почтительных прозвищ и имен. Вторая часть — «усто» — происходит от персидского «устад» (мастер, учитель, ремесленник). В Средней Азии и на Кавказе «усто» — это почетное обращение к искусному мастеру: строителю, ювелиру, резчику по дереву. Таким образом, Бобоусто — это сложное составное прозвище, которое можно перевести как «старый мастер» или «почтенный учитель».

Скорее всего, основатель рода был уважаемым ремесленником, возможно, главой цеха или наставником учеников. Фамилия Бобоустоева указывает на происхождение из Средней Азии, в первую очередь из Таджикистана или Узбекистана. Интересно, что двойной суффикс («усто» + «ев») встречается не так часто: обычно тюркские имена присоединяли суффикс напрямую (Бобоев, Устоев). Здесь же мы видим сращение целого словосочетания в одну фамилию, что делает её редкой и легко узнаваемой.

В русском языке фамилия сохранила ударение на третьем слоге: Бобоу́стоева. Женская форма не отличается от мужской по сути — это та же фамилия, только с окончанием -а. Поскольку фамилия недревняя (массово такие модели закреплялись в XIX — начале XX века), её носители — это почти наверняка потомки людей, живших в Бухарском эмирате, Хивинском ханстве или Туркестанском крае.