Фамилия Бобоева — женская форма фамилии Бобоев, а та, в свою очередь, образована от мужского личного имени Бобо. В ономастике это имя считается восточным, преимущественно тюркским или иранским, и восходит к слову «бобо» — уважительное обращение к старшему, деду, отцу, а также к духовному наставнику. В ряде тюркских языков «бобо» означает «предок», «старец», что делает фамилию патронимической: предок носителя был известен как Бобо, то есть почтенный человек.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: «чей?» — Бобоев, то есть сын или потомок Бобо. Модель образования типична для фамилий народов Кавказа и Средней Азии, где русские окончания добавлялись к местным основам в XIX–XX веках при документальном оформлении. Встречается фамилия Бобоев у таджиков, узбеков, азербайджанцев и некоторых народов Дагестана.

В русском контексте фамилия Бобоева редкая и не имеет отношения к слову «боб» или «бобыль». Это чисто восточная основа, и носители фамилии почти всегда ведут род из регионов, где «бобо» — распространённое обращение. В советских архивах фамилия фиксируется в Таджикистане, Узбекистане и среди тюркских народов Поволжья, но частотность её невысока.

Сложность в том, что в некоторых говорах «бобо» могло означать и «богатырь», «силач» (например, в карачаево-балкарском), но эта версия менее вероятна, так как основное значение всё же связано с возрастом и статусом. Таким образом, предки Бобоевых — скорее всего, уважаемые старейшины, аксакалы или религиозные наставники в своих общинах.