Фамилия Бабоева звучит на слух как уменьшительно-ласкательная, но на деле её корень, скорее всего, связан не с насекомым, а с тюркским миром. Основа «баба» в тюркских языках означает «отец», «дед», «предок», а также уважительное обращение к старшему мужчине или духовному наставнику. В этом ряду стоят имена Баба, Бабай, Бабек — нередко так называли первенца или долгожданного сына, подчёркивая его связь с родом.

Фамилия образована по самой распространённой в России модели: к основе (Баба) добавили суффикс принадлежности -ев. Женская форма Бабоева указывает, что изначально фамилия принадлежала мужчине — Бабоев. Такой суффикс типичен для русских фамилий, но в данном случае он «прирос» к нерусскому корню. Это характерно для народов Северного Кавказа, Поволжья и Закавказья, где фамилии часто русифицировали при оформлении документов.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с именем Баба из славянского просторечия. В древнерусском языке «баба» могла означать не только женщину, но и «бабку»-повитуху или «бабу»-каменное изваяние. Однако для фамилии Бабоева такая этимология слаба: славянские фамилии от «баба» обычно звучат как Бабин, Бабкин, а форма на -ев указывает на иноязычное происхождение основы.

Географически фамилия Бабоева чаще всего встречается у осетин, чеченцев, ингушей, а также у народов Дагестана. В осетинском языке, например, слово «баба» означает «дедушка», и фамилия Бабоевы — одна из распространённых в Дигории. У чеченцев и ингушей Бабоевы — представители крупных тейпов, где имя Баба (Бабай) было личным именем родоначальника.

Таким образом, предки Бабоевых — не «бабочки» и не «бабушки», а люди, носившие имя или прозвище Баба в значении «предок», «старейшина» или «уважаемый отец». Фамилия закрепилась в среде, где тюркские и кавказские традиции имянаречения встретились с русской моделью оформления родового имени.