Фамилия Бобоед происходит от прозвища, в основе которого лежит слово «бобоед» — любитель бобов. Бобы, стручковое растение с овальными семенами, в народной культуре имели не только пищевое, но и символическое значение. В восточной Сербии существовал обычай: невеста брала с собой столько бобов, сколько лет планировала избегать беременности. По прошествии срока она сеяла их и съедала выросшие бобы, чтобы родить ребенка. Карпатским украинцам, русским и полякам было знакомо выражение «наесться бобов, гороха» — то есть забеременеть. Таким образом, прозвище Бобоед могло указывать не только на гастрономические пристрастия, но и на связь с народными поверьями о плодородии.

Словообразовательная модель фамилии проста: суффикс -ов (в форме Бобоедов) или нулевой суффикс (Бобоед) типичны для русских фамилий, образованных от прозвищ. Однако форма Бобоед встречается реже, чем, скажем, Бобоедов, что делает её более архаичной и регионально привязанной. В отличие от фамилий, образованных от названий профессий (например, Бобров — от бобрового промысла), Бобоед прямо отсылает к личной характеристике человека.

Споров о происхождении фамилии почти нет: корень «боб-» и суффикс «-ед» (от «есть») складываются в прозрачную картину. Альтернативная версия, связывающая фамилию с диалектным «бобоед» в значении «ленивый, неповоротливый человек», менее убедительна: она не подкреплена устойчивой лексической традицией. Основная гипотеза — прозвище по пищевому пристрастию — подтверждается аналогиями (Грибоед, Хлебоед) и фольклорными данными.

Географически фамилия Бобоед тяготеет к южнорусским и украинским регионам, где бобы были традиционной культурой. Встречается она и у потомков крестьян, и у казаков — сословной привязки нет.