Фамилия Бобруйко — характерный пример украинской модели образования фамилий на -ко. Это один из самых продуктивных суффиксов в украинской ономастике, который в XVI–XVII веках превратился из уменьшительного в фамильный формант. В русских фамилиях аналогом выступает суффикс -ов/-ев, в польских — -ский, а в украинских именно -ко (и его варианты -енко, -чук) стал маркером фамилии. Бобруйко стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Бондаренко, Шевченко, Ткаченко, но с одним отличием: его основа не профессия и не крестильное имя, а прозвище или географическое название.

В основе фамилии лежит слово «бобер». Прямое значение — «бобруйко» как уменьшительное от «бобер» (маленький бобр, бобренок). Прозвище Бобруйко мог получить человек, напоминавший бобра: коренастый, трудолюбивый, с окладистой бородой или, наоборот, лохматый и неуклюжий. В славянской традиции прозвища по животным были распространены, и бобр в них занимал особое место — зверь ценный, промысловый, символ трудолюбия и достатка.

Вероятна и топонимическая версия. На карте Украины и Беларуси есть несколько поселений с корнем «бобр»: город Бобруйск в Беларуси, села Бобры, Бобрик, Бобруйки. Фамилия Бобруйко могла возникнуть как прозвище выходца из такого места — «бобруец», то есть человек из Бобруйска или Бобруек. Суффикс -айко/-уйко в белорусских и украинских фамилиях нередко указывал на жителя определенной местности (сравните: Литвин — Литвинко, Пинчук — из Пинска, а Бобруйко — из Бобруйска). Эта версия особенно правдоподобна для белорусских носителей фамилии.

Третья, менее очевидная версия — связь с глаголом «бобруйкать» (диалектное, обозначавшее бормотать, ворчать). В этом случае прозвище Бобруйко дали человеку с невнятной речью или ворчливому. Но эта гипотеза слабее: глагол редкий, а фамилия на -ко от глагольной основы в украинской традиции почти не встречается.

Фамилия Бобруйко распространена в основном на Украине (особенно в Черниговской, Сумской, Полтавской областях) и в Беларуси (Гомельская, Могилевская области). В России встречается реже, преимущественно в регионах, граничащих с Украиной, и среди потомков переселенцев. Сословной привязки у фамилии нет: её носили и крестьяне, и казаки, и мещане. В реестрах запорожских казаков фамилии на -ко встречаются массово, и Бобруйко могла быть одной из них.

Если коротко: Бобруйко — украинская фамилия, образованная от прозвища Бобруй (маленький бобр) или по названию города Бобруйск. Носитель фамилии — скорее всего, потомок человека из центральной Украины или восточной Беларуси, которого либо сравнивали с бобром, либо звали «бобруйцем» — жителем Бобруйска.