Фамилия Бобруйкин образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: от прозвища или названия через притяжательный суффикс -ин и затем фамильный суффикс -к-. Двойной суффикс встречается реже, чем одинарный, и обычно указывает на то, что в основе лежало не имя, а прозвище, за которым стояла конкретная характеристика человека.

Корень «бобруйк-» восходит к слову «бобр» через топоним Бобруйск. Бобруйкин — это человек из Бобруйска или тот, кто имел отношение к этому городу. Такая модель — «город + -ин + -к-» — типична для фамилий, которые фиксировали не просто место жительства, а происхождение из определённой местности: вспомним Казанкин, Тулькин, Рязанкин. В случае с Бобруйкиным исходный топоним Бобруйск известен с XVI века, название он получил от реки Бобруйки, а та — от обилия бобров. Таким образом, дальний корень фамилии — промысловый зверь, давший название реке, затем городу, затем жителю.

Возможна, хотя и менее вероятна, версия прямого прозвища «Бобруйка» — так могли назвать человека, чем-то напоминавшего бобра: коренастого, трудолюбивого, с окладистой бородой. Но топонимическое объяснение надёжнее: фамилия Бобруйкин географически привязана к Беларуси и западным областям России, откуда шла миграция в центральные губернии. В XIX веке носители фамилии встречались в Могилёвской, Черниговской и Курской губерниях.

Сословного барьера у фамилии не было: Бобруйкины могли быть и крестьянами, и мещанами. Форма на -ин с наращением -к- типична для фамилий непривилегированных слоёв — дворянские фамилии редко образовывали по такой схеме. В отличие, скажем, от фамилии Бобров, которая могла быть и дворянской (от боярского прозвища), Бобруйкин однозначно указывает на выходца из посадского или крестьянского сословия, чья фамилия закрепилась по месту прежнего жительства.