Фамилия Бобышкины — это русская фамилия, образованная по самой распространённой модели: от прозвища или имени Бобышка с помощью патронимического суффикса -ин, указывающего на принадлежность («чей?» — сын Бобышки). Суффикс -ин в русских фамилиях обычно присоединялся к основам на -а/-я, поэтому Бобышкин — «сын Бобышки», а множественное число Бобышкины чаще всего означает «семья, род Бобышкиных».

Корень фамилии — прозвище Бобышка. Самая прямая версия связывает его с «бобом» — зерном стручковых растений. Здесь возможны два пути. Первый — профессиональный: прозвище мог получить крестьянин, который выращивал бобы на продажу. Такие «бобовые» фамилии встречаются у русских, украинцев и поляков, и Бобышкин — один из примеров этой группы. Второй путь — символический. Боб с древности считался знаком плодородия и зародыша; в народной культуре известны выражения, связывающие поедание бобов с зачатием. Поэтому прозвище Бобышка могли дать главе большого семейства, многодетному отцу — как пожелание или констатация плодовитости.

По документам фамилия известна с XIX века. В Книге памяти Красноярского края упомянут Бобышкин Федор Дормидонович, начальник пути КЖД, родившийся в 1881 году в Курской губернии. Эта запись показывает, что к тому времени фамилия уже бытовала в центральной России и вместе с носителями ушла на восток. Суффикс -ин в фамилии — типично русский, а не украинский или белорусский, что указывает на её происхождение в великорусских землях.

Фамилия редкая, не входит в число массовых. Это даёт основания предполагать, что её родоначальник был заметной фигурой в своей местности — либо по ремеслу, либо по семейному положению, — и прозвище закрепилось за его потомками.