Фамилия Бобышко — яркий пример украинской модели фамилий на -ко, которая в русской среде часто воспринимается как «малороссийская» или южнорусская. Суффикс -к(о) в украинской ономастике выполнял роль уменьшительности или принадлежности, но в фамилиях он, как правило, застыл в значении «потомок» или «носитель признака». Так что Бобышко — это буквально «маленький Бобыш» или «сын Бобыша».

Основа фамилии — прозвище Бобыш. Скорее всего, оно восходит к слову «боб»: так могли прозвать человека с круглым лицом, невысокого и плотного, или же того, кто занимался выращиванием бобовых. В украинских говорах есть и прямое значение — «бобыш» как «стручок» или «небольшой нарост», что могло быть прозвищем по внешней особенности. Менее вероятна, но возможна связь с диалектным «бобыль» (одинокий бедняк), хотя фонетически переход в «бобыш» неочевиден.

В историческом контексте фамилия Бобышко не относится к дворянским — это типичная крестьянская или казацкая фамилия. В реестрах Запорожского войска и переписях Гетманщины встречаются однофамильцы, но конкретные даты и имена без специальных разысканий назвать сложно. Географически фамилия тяготеет к центральной Украине (Черкасская, Полтавская области) и югу России (Кубань, Ростовская область), куда переселялись украинцы в XIX веке.

Интересная деталь: в отличие от более частых фамилий вроде Бобров или Бобков, Бобышко сохранила редкий вариант основы, не связанный с животным, а именно с растением. Это делает её уникальной в ряду «бобовых» фамилий — она не про бобра, а про боб. В современной России фамилия встречается нечасто, но не исчезла, что говорит о том, что родословная линия не прерывалась.