Фамилия Бочонин — один из тех случаев, когда редкая основа сочетается с очень типичным для русского севера и северо-востока суффиксом. Если бы фамилия оканчивалась на -ов (Бочонов), её можно было бы встретить повсеместно, но суффикс -ин указывает на притяжательное значение: «чей?» — «Бочонин», то есть сын Бочони.

Корень здесь, скорее всего, не от «бочка» (хотя такое тоже возможно, но дало бы фамилию Бочкин или Бочкарёв), а от прозвища Бочоня. В русских говорах слово «бочоня» могло означать плотного, круглого человека — «как бочонок». Но есть и другая, более интересная версия: в диалектах Вологодчины и Архангельской губернии «бочоней» называли не только бочку, но и неуклюжего, медлительного человека, а иногда — и просто того, кто делал бочки, то есть бондаря. Прозвище могло закрепиться за мастером или за человеком с характерной внешностью.

Географически фамилия редкая. Основной массив Бочониных встречается в Кировской области и на Урале — в тех краях, куда в XVII–XVIII веках активно переселялись люди с Русского Севера. Это косвенно подтверждает версию о северном происхождении прозвища. В центральных и южных регионах России фамилия почти не фиксируется.

В написании фамилии нет вариативности: ударение падает на второй слог (Бочо́нин), и она не меняет форму при склонении — это типичная адъективная модель русского языка.

Известных носителей с этой фамилией в истории немного, что объясняется её редкостью. Искать информацию о конкретных Бочониных стоит в метрических книгах Вятской губернии — там фамилия встречается наиболее плотно.