Фамилия Боджукян — армянского происхождения. Её выдают сразу два маркера: характерное окончание -ян и основа Боджук-. В армянской ономастике суффикс -ян (и его более старый вариант -янц) означает «принадлежащий к роду», то есть буквально «из рода Боджука». Это типичная модель образования фамилий, которая закрепилась у армян в XIX веке, хотя процесс шёл и раньше.

Сложнее с корнем «Боджук». Скорее всего, это прозвище, а не имя. В армянском языке слово «боджук» (պոճուկ) имеет несколько значений, и главное из них — «маленький», «крошечный», «малыш». Прозвище Боджук могли дать невысокому человеку или младшему ребёнку в семье. Такая традиция — называть по росту или возрасту — встречается у многих народов, и армяне не исключение. Близкие аналоги в русских фамилиях — Малышов, Малютин.

Есть и другая, менее вероятная версия. В некоторых тюркских языках, с которыми армянский диалектно соприкасался веками, слово «боджук» (или «боджуг») означало «кусок», «обломок» или даже «узел». Если предок Боджукян жил в регионе со смешанным населением (например, в исторической Западной Армении или на юге современной Армении), прозвище могло получить иное, утилитарное значение — например, относиться к ремеслу или внешности. Но основная и самая логичная версия — от армянского «маленький».

Географически фамилия Боджукян не привязана к одной области. Она встречается и в исторических армянских землях, и в диаспоре. Как и многие фамилии на -ян, она не указывает на дворянское происхождение или конкретное ремесло — только на то, что предок носителя был известен под прозвищем Боджук. Сословных барьеров у такой фамилии не было: её мог получить и крестьянин, и ремесленник, и торговец.

Если отбросить редкие гипотезы, история фамилии Боджукян простая и характерная для армянского мира: родовое имя по прозвищу, которое дали за малый рост или возраст. Никакой тайны, но и никакой путаницы — это один из тех случаев, когда этимология прозрачна.