Фамилия Боганченко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, распространённой в южных и центральных регионах бывшей Российской империи. Суффикс -енко исторически означал «маленький», «сын» или «ученик», то есть Боганченко — буквально «сын Богана» или «потомок Богана». Это отчество, застывшее в фамилии.

Сложность и главный интерес фамилии — в основе Боган-. Здесь сталкиваются две версии, и ни одна из них не является надуманной. Первая и самая очевидная: основа от имени Богдан (сокращение «Боган»). Имя Богдан — калька с греческого Феодор (Фёдор), что значит «данный Богом». В украинской традиции такое усечение имени — обычное дело (как Петро → Петан, Иван → Иван). Вторая версия, менее популярная, но имеющая право на существование: основа от прозвища Боган — человека, который постоянно поминает Бога, богомольного или, наоборот, того, кто клянётся именем Бога всуе. В говорах слово «боган» могло означать и просто «богатырь», «силач», но это уже региональная редкость.

Географически фамилия тяготеет к Полтавщине, Черкащине и Киевщине — классическому ареалу фамилий на -енко. В XIX веке Боганченко фиксируются преимущественно в ревизских сказках и метрических книгах Полтавской губернии. Социальный состав носителей — в основном казацкого или крестьянского происхождения, без дворянских привилегий. Фамилия не получила широкой известности в столицах, оставаясь локальной.

Примечательно, что в русском написании фамилию могли искажать: встречаются варианты Боганченков (под влиянием великорусского суффикса -ов) или Боганченко с двойным «н» (ошибочное сближение с «Боганный»). Но исходная украинская форма с одним -н- и ударением на втором слоге — Бога́нченко — сохранилась устойчиво. В отличие от фамилии Богданенко (прямое отчество от полного имени Богдан), Боганченко звучит более разговорно, по-домашнему, будто от деревенского прозвища, а не от церковного имени.