Фамилия Боганча — редкий случай, когда основа не даёт однозначного ответа, а сам корень звучит не по-русски. Скорее всего, перед нами не славянская, а тюркская или молдавская фамилия, которая подверглась русификации. Если отбросить суффикс -а, характерный для украинских, молдавских и польских фамилий женского рода или прозвищ, остаётся корень «боганч». В тюркских языках (например, в татарском или башкирском) слово «боган» или «буган» означает «бык» или «олень-самец», а суффикс -ча/-ч может указывать на уменьшительность или принадлежность. То есть Боганча могло быть прозвищем человека сильного, упрямого, похожего на быка, или же именем по отцу: «сын Богана».

Другая версия — топонимическая. В Молдавии и на юго-западе Украины встречаются сёла с названием Боганча (например, в Черновицкой области). В этом случае фамилия могла возникнуть от названия места жительства: переселенец из села Боганча получал прозвище «боганча», которое затем закрепилось за потомками. Молдавское происхождение подтверждается и частотным окончанием -а, которое в румынском языке типично для фамилий, образованных от названий профессий или мест.

Третья, менее вероятная гипотеза — связь с русским словом «богатый» через диалектное искажение (боганец, боганыш). Но это объяснение слабое: слишком далеко от исходной формы, и нет примеров такой трансформации в фамилиях.

С социальной точки зрения, носители фамилии Боганча, скорее всего, были крестьянами или мещанами из южнорусских губерний, Бессарабии или Малороссии. Фамилия не дворянская, не купеческая — в старых ревизских сказках и метриках она встречается редко и только в непривилегированных сословиях. Единственное, что можно сказать с уверенностью: происхождение фамилии уходит корнями в ту среду, где тюркское или молдавское влияние смешивалось с русским, а прозвище давали по яркой внешней или поведенческой черте.