Фамилия Боганин — одна из тех, чей корень лежит на поверхности, но точное значение угадать не так просто. Основа здесь — «боган», но что это за слово? В русских говорах «боганей» или «боганой» могли называть зажиточного, состоятельного человека, иногда с оттенком «богач, толстосум». Однако есть и другая, более конкретная версия: в южнорусских и украинских диалектах «боган» — это деревянная колодка, которую надевали на ноги арестантам или рабам. Прозвище Бога́н мог получить либо мастер, делавший такие колодки, либо человек, которого в них водили, — то есть бывший каторжник или пленник.

Фамилия образована по простой и распространённой модели: к основе «Боган» добавили суффикс -ин, означающий принадлежность. Боганин — это «сын Богана» или «человек из семьи Богана». Суффикс -ин типичен для центральной и северной России, в то время как на юге и в Беларуси чаще встречался бы вариант Боганов. Такое географическое распределение указывает, что корни фамилии, скорее всего, лежат в среднерусских или поволжских областях.

Стоит отметить, что фамилия редкая. В дореволюционных справочниках и современных телефонных книгах она встречается точечно, без явной концентрации в одном регионе. Это говорит о том, что родоначальников было немного, и фамилия не разрослась в массовую. В ономастических словарях Боганин не фигурирует, что типично для недворянских, крестьянских или мещанских фамилий, не попавших в официальные списки.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Боганов, Боганич, Боганец, — то Боганин стоит особняком благодаря суффиксу -ин. В отличие от -ов, который чаще давал фамилии от профессий или имён на согласный, -ин привязывал фамилию к прозвищу, оканчивающемуся на -а/-я. Это косвенно подтверждает, что исходное прозвище Боган было именно таким — с окончанием на «а», а не на твёрдый согласный.

Версия о происхождении от «богатый» кажется самой простой и приятной, но лингвистически она слабее: слово «богач» в русском языке редко давало форму «боган». В говорах скорее бытовало «богатей» или «богатырь». А вот «боган» в значении «колодка» — слово задокументированное, хоть и диалектное. Поэтому наиболее правдоподобно, что Боганин — это фамилия, восходящая к прозвищу человека, связанного с орудием наказания или с самим наказанием.