Фамилия Боганский, вероятно, образована от прозвища Боганский, в основе которого лежит название реки Баган, протекающей в юго-западной части Новосибирской области. Скорее всего, основатель рода Боганских жил на берегах этой реки. Происхождение самого названия Баган точно неизвестно. По одной из версий, оно происходит от тюркского «баган» — «столб». По другой, оно связано со старинным русским словом «багно» — «низкое, топкое место». Вторая версия представляется более правдоподобной, так как река Баган частично протекает по болотистой местности. Согласно еще одной, менее вероятной гипотезе, фамилия Боганский образована от прозвища Боган, которое восходит к слову «баган», в смоленских говорах означавшему «некий добрый и злой дух, покровитель скота». В этом случае так могли прозвать пастуха или того, кто держал много скота. Чередование гласных а/о обусловлено особенностями произношения и записи в официальных документах.