Фамилия Боганов восходит к слову «баган», которое в смоленских говорах имеет значение «некий добрый и злой дух, покровитель скота». Скорее всего, предок обладателя этой фамилии носил прозвище Баган, указывающее на род занятий — пастух. Возможно, родоначальник фамилии был человеком состоятельным и держал много скота, в этом случае он также мог получить прозвище Баган. Чередование гласных а/о обусловлено особенностями произношения и записи в официальных документах. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Баган, со временем получил фамилию Боганов.