Фамилия Боканча звучит непривычно для русского уха, и это не случайно. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, образованных суффиксами -ов, -ев или -ин, Боканча имеет нулевое окончание и выглядит как застывшее прозвище или существительное в именительном падеже. Такая модель — редкость для центральной России, но типична для украинской, белорусской и польской ономастики. Скорее всего, мы имеем дело с фамилией западнорусского или малороссийского происхождения, где подобные формы (Боканча, Голова, Шуба) встречаются гораздо чаще.

Основа фамилии — «боканч» или «боканча». Прямого значения в современном литературном русском языке у этого слова нет. Однако в юго-западных диалектах и украинском языке «боканець» (уменьшительное) или «бокан» могли означать нечто связанное с боком — либо предмет, торчащий сбоку (например, небольшой бочонок, который носили у пояса), либо прозвище человека с заметной особенностью фигуры. Есть и другая версия: через польское «bok» (бок) и суффикс -an, -ancz слово могло обозначать того, кто ходит боком, косолапит или держится особняком. В любом случае, прозвище было описательным, а не патронимическим (от имени отца).

Сравнение с однокоренными фамилиями подтверждает западнославянский след. В Польше встречается фамилия Bokańcza или Bokańczuk, а в Беларуси — Бокань, Боканчонок. В России же Боканча — фамилия редкая, её носители чаще всего встречаются в регионах, граничащих с Украиной и Беларусью (Брянская, Смоленская области, юг Краснодарского края). Это косвенно указывает на то, что предки могли быть выходцами из Речи Посполитой или казачьих земель.

О социальном статусе первых носителей судить сложно. Фамилия явно недворянская (отсутствует типичная для шляхты приставка -ский/-цкий) и не духовная. Скорее всего, Боканча — это крестьянское или казачье прозвище, которое закрепилось как фамилия в XVII–XVIII веках, когда на южных и западных окраинах России начался массовый учёт населения. Никаких громких исторических личностей с такой фамилией не зафиксировано, что лишний раз подчёркивает её простонародный бытовой корень.