Фамилия Боканев (встречается и вариант Боканёв) образована от прозвища Бокань. Скорее всего, в его основе лежит слово «бок» — так могли назвать человека с заметными особенностями фигуры или походки. Предок-родоначальник мог припадать на один бок при ходьбе, либо быть полным, широким в боках. Модель образования типична для русских фамилий: к прозвищу на -ань прибавили патронимический суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Бокана).

У фамилии есть очевидные «родственники» по корню. В словаре С. Б. Веселовского «Ономастикон» упоминаются несколько родственных фамилий и прозвищ: Бокарев Василий, подьячий Разбойного приказа (1677 год, Москва); Бокастово Петр Федосеевич (1622 год, Углич); Боков Иван, царский дьяк (1562 год). Эти записи показывают, что прозвища и фамилии от основы «бок» были распространены в служилой и приказной среде уже в XVI–XVII веках.

Самый известный носитель фамилии — Алексей Михайлович Боканев (1896–1969), Герой Советского Союза. 20 июля 1944 года рядовой Боканев одним из первых на подручных средствах форсировал реку Западный Буг в районе села Збереже (Польша) и открыл огонь по противнику. Звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда» ему присвоили 24 марта 1945 года. Эта боевая биография — главная заслуга, которая закрепила фамилию в военной истории. Других широко известных деятелей с такой фамилией пока нет, так что в массовом сознании Боканевы — это прежде всего герои-фронтовики.