Фамилия Боканева — женская форма фамилии Боканев, и её происхождение стоит искать в прозвище или личном имени, от которого образована мужская основа. Словообразовательная модель здесь стандартная: суффикс -ев указывает на принадлежность («чей?»), то есть Боканев — это сын или потомок человека по прозвищу Бокань.

Корень «бокань» — нечастое слово, и его значение требует разбора. В русских говорах «бокань» могло означать «бок», «боковая часть», а также «человек с широкими боками» или «тот, кто ходит боком, косолапит». Однако есть и более конкретная версия: в некоторых регионах (особенно на юге России и в Белоруссии) «бокань» называли крепкого, коренастого мужчину, часто с широкими плечами — прозвище, данное по внешности. Менее вероятно, но возможно, что основа восходит к диалектному «бокать» — «стучать, бить», тогда прозвище мог получить шумный или драчливый человек.

С точки зрения географии, фамилия Боканев встречается преимущественно в центральных и южных областях России, а также в украинском и белорусском пограничье. Это указывает на её восточнославянское происхождение, без явных иноязычных корней. Сословно предки Боканевых, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками: прозвища по внешним признакам в этой среде были обычным делом, а фамилии на -ев в таких семьях закреплялись в XVIII–XIX веках.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Боков, Боковин, Бокань — то Боканев выделяется именно суффиксом -ев, который в данном случае не просто патронимический, а указывает на конкретное прозвище, а не на имя. В словаре Б. Унбегауна подобные модели описаны как типичные для русских фамилий от прозвищ, связанных с частями тела. Таким образом, предок Боканевых был человеком с заметной фигурой — широким в плечах или грузным, и это прозвище закрепилось за его потомками.