Фамилия Боканенко — характерный пример украинской модели образования фамилий с суффиксом -енко. В украинской ономастике этот суффикс (соответствующий русскому -ович/-евич) выполнял роль отчества: Боканенко буквально означало «сын Бокана» или «потомок Бокана». Такие фамилии массово закрепились в Левобережной Украине, на Слобожанщине и в южных регионах, где с XVI века формировалось казацкое население.

В основе фамилии лежит прозвище Бокан, которое, скорее всего, восходит к нарицательному «бок». Прозвище могло указывать на особенности внешности предка: например, на хромоту (человек припадал на один бок при ходьбе) или на полноту («широкий в боках»). Такие прозвища по физическим признакам были распространены в среде простых людей — крестьян и казаков, где наследственные фамилии долгое время заменялись уличными прозвищами.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: основа Бокан- + суффикс -енко. Сам корень -бок- встречается и в других украинских фамилиях: Бокань, Бокий, Боков. Однако именно форма Бокан — с суффиксом -ан, придающим прозвищу оттенок характерности или пренебрежительности (как в словах «горлан», «кривляка»), — встречается реже, что делает фамилию Боканенко относительно редкой.

Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины (Полтавщина, Черкащина, Харьковщина), где суффикс -енко доминирует в фамилиях. В России носители Боканенко появлялись в основном в результате переселений и браков, но фамилия сохранила украинский облик. Других версий происхождения — от тюркского или румынского корня — нет серьёзных оснований, так как слово «бок» и его производные хорошо объясняют значение без внешних заимствований.

Таким образом, фамилия Боканенко — это наследственное именование, закреплённое за потомками человека, которого в своё время прозвали Боканом за особенность телосложения или походки. Как и многие украинские фамилии на -енко, она прошла путь от уличного прозвища к официальному родовому имени, и сегодня её носители могут считать себя потомками того самого «сына Бокана».