Фамилия Баканенко — одна из тех, что выдают южное, украинское происхождение. Её выдает суффикс -енко, который в XVII–XVIII веках был главным маркером формирования фамилий на землях современной Украины. Изначально он означал «сын» или «потомок»: Баканенко — буквально «сын Бакана» или «маленький Бакан». Вопрос в том, что скрывается за основой «Бакан».

Здесь есть два основных пути. Первый — от прозвища Баклан. В южных говорах «бакан» или «бакай» — это рыба, чаще всего бычок, но также и крупная водоплавающая птица (баклан). Прозвище Баклан давали человеку неуклюжему, с крупной головой или, наоборот, жадному и прожорливому, как птица. Фонетическое изменение «л» на «н» в фамилиях — не редкость (сравните Бакланов и Баканов). В таком случае Баканенко — «потомок Баклана».

Второй вариант — от имени или прозвища Бакан. В славянской ономастике известно имя Бакан, которое могло быть производным от крестильного имени Вакх (греч. «вакхант») или от тюркского «бакан» — «смотрящий», «надзиратель». Встречается и диалектное слово «баканить» — шуметь, кричать, буянить. Соответственно, Бакан — человек шумный или, возможно, тот, кто выполнял роль глашатая.

Географически фамилия Баканенко в основном встречается в центральных и восточных областях Украины, а также в прилегающих регионах России, куда переселялись казачьи и крестьянские семьи. В дореволюционных метрических книгах носители фамилии чаще всего числились мещанами или казаками — сословиями, где фамилии на -енко были особенно распространены.

Таким образом, предок современных Баканенко с большой вероятностью получил прозвище либо по сходству с птицей или рыбой, либо по своему характеру. В любом случае, происхождение фамилии — бытовое, народное, без связи с дворянскими титулами, но с живой и понятной логикой.