Фамилия Баканин — одна из тех, что хранят след старинного ремесла. В её основе лежит прозвище Баканя, которое восходит к слову «бакан». Так в старину называли красильный лак — краску из органических веществ (красных, жёлтых, зелёных), смешанных с металлическими основаниями. Это был яркий, насыщенный пигмент, который ценили мастера.

Прозвище Баканя, скорее всего, относилось к «профессиональным» именованиям: его давали человеку, работавшему с красками. Предок носителей фамилии мог быть художником, иконописцем или красильщиком тканей. Эта версия подкрепляется историческими данными: фамилия Баканов (однокоренная с Баканиным) была широко распространена среди «богомазов» — иконописцев Шуи, Палеха и Иванова.

В документах встречается и раннее упоминание прозвища: у С. Б. Веселовского записан Бакан Дмитриевич Тютчев, живший в Зубцове в XVI веке. Это показывает, что имя Бакан бытовало ещё в допетровской Руси.

Фамилия Баканин образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — сын Бакани. В отличие от более частой фамилии Баканов (с суффиксом -ов), форма на -ин встречается реже и может указывать на иной диалектный вариант прозвища или на то, что основа имени оканчивалась на -а.

Точное место и время возникновения фамилии Баканин сейчас установить сложно — процесс становления фамилий длился веками. Но её основа ясно говорит о роде занятий предка: он был человеком, который знал толк в красках и цвете.