Фамилия Бакан чаще всего ведет свое начало от прозвища, данного по роду занятий. В основе лежит слово «бакан» — так на Руси называли красильный лак, получаемый из органических веществ (красных, желтых, зеленых) в соединении с металлическими основаниями. Особую известность имел багряный бакан, который добывали из червца (насекомое кошениль) и марены (красильный корень). Человека, работавшего с этой краской — художника, иконописца или красильщика тканей — в народе и прозывали Баканом.

Связь с иконописным ремеслом подтверждается исторически. Фамилия Баканов была особенно распространена среди «богомазов» в Шуе, Палехе и Иванове — центрах русской иконописи. В документах XV–XVI веков встречается, например, Бакан Дмитриевич Тютчев (упоминается в Зубцове). Это говорит о том, что прозвище бытовало в разных слоях общества и не было закреплено исключительно за крестьянами или ремесленниками.

Модель образования фамилии проста: прозвище Бакан перешло в фамилию без добавочного суффикса, что характерно для украинской, белорусской и южнорусской традиции. В северных и центральных областях чаще встречается форма Баканов — с патронимическим суффиксом -ов, означающим «сын Бакана» или «из рода Бакана». Оба варианта восходят к одному корню, но указывают на разную географию бытования.

Стоит учесть и редкую, но возможную версию: в некоторых говорах «бакан» означало также «багрянец», «краснота». В этом случае прозвище могли дать человеку с румяным лицом или рыжими волосами. Однако эта гипотеза уступает основной — ремесленной, так как письменные источники уверенно связывают фамилию с красильным делом и иконописью.