Фамилия Баканов ведет начало от прозвища Бакан, и у этого прозвища есть как минимум три объяснения. Самое убедительное — профессиональное: «баканом» на Руси называли красильный лак, чаще всего багряную краску, которую добывали из червца (насекомое кошениль) и марены (красильный корень). Прозвище Бакан, скорее всего, давали иконописцу, художнику или красильщику тканей. Связь фамилии с этим ремеслом подтверждается документально: в Шуе, Палехе и Иванове Бакановы были распространены именно среди «богомазов», то есть иконописцев.

Древнетюркские корни слова «бакан» дают две другие версии. Первая — «кольцо» (металлическое), и тогда прозвище мог получить ремесленник, изготавливавший кольца. Вторая — «столб, шест», и в этом случае Баканом могли прозвать высокого и худощавого человека. Какая из версий верна для конкретной семьи — сказать сложно, но профессиональная версия подкреплена и географией фамилии, и историческими записями.

Прозвище Бакан встречается в письменных источниках с XVI века. В «Ономастиконе» академика С. Б. Веселовского упоминается Бакан Дмитриевич Тютчев, живший в ту пору в Зубцове. Фамилия образовалась по стандартной русской модели: суффикс -ов указывает на принадлежность — «сын Бакана» или «из рода Бакана».

В документах XX века фамилия фиксируется в разных регионах. В Книге памяти Алма-Атинской области записан Алексей Васильевич Баканов (1887 г. р.) из деревни Плаксово Вологодской области. В Книге памяти Ростовской области — Григорий Васильевич Баканов (1875 г. р.) из хутора Крутинский. В Книге памяти Республики Татарстан — зажиточный крестьянин Григорий Миронович Баканов (1886 г. р.) из села Налеткино Спасского района.

Среди известных носителей фамилии — писатель, историк и краевед Владимир Петрович Баканов (1924—2007) и иконописец, художник палехской лаковой миниатюры Иван Михайлович Баканов (1870—1936). Вторая фамилия особенно показательна: она напрямую подтверждает связь с иконописным промыслом, который и дал жизнь большинству Бакановых.