Фамилия Боканов — одна из тех, где корень ясен, а вот точное значение прозвища приходится выбирать из нескольких вариантов. В основе лежит прозвище Бокан, а оно, в свою очередь, образовано от слова «бок». Суффикс -ан в русских прозвищах часто придавал слову разговорный, иногда пренебрежительный или просто обиходный оттенок (сравните: ушан, лобан, горлан). То есть Бокан — это человек, которого выделяли по какой-то особенности, связанной с боком.

Самая прямая версия — указание на внешность. Боканом могли назвать человека полного, «широкого в боках», либо того, кто при ходьбе припадал на один бок, то есть имел заметную хромоту или искривление позвоночника. В крестьянской среде такие прозвища давали без злого умысла, скорее как меткую бытовую примету.

Есть и менее очевидное, но тоже правдоподобное объяснение — топографическое. Боканом могли прозвать хозяина дома, который стоял на отшибе, «сбоку» от основной деревенской улицы. В русских говорах слово «бок» использовали и для обозначения стороны, края, так что прозвище могло закрепиться за человеком по месту жительства.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: прозвище на -ан плюс фамильный суффикс -ов, означающий «сын Бокана» или «принадлежащий Бокану». Фамилия Боканов — относительно редкая, её география не привязана к одной губернии, но чаще встречается в центральных и южных регионах России. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) отдельного разбора «Боканов» нет, но модель с корнем «бок» и суффиксом -ан описана как характерная для прозвищ, описывающих внешность или положение.

Таким образом, предок носителей фамилии Боканов — это либо человек заметной комплекции, либо житель окраины села. Обе версии равноправны, и без дополнительных генеалогических данных выбрать одну из них сложно.