Фамилия Богутдинов — наглядный пример того, как личное имя, пройдя через русскую модель фамилии, превратилось в родовое прозвание. Её основа — тюркское составное имя Богутдин, распространённое у татар, башкир и других народов Поволжья и Урала. Первая часть восходит к тюркскому «бога» или «буга» — «бык», «сильный, могучий», вторая — арабское «дин» (вера, религия). В целом имя можно перевести как «сила веры» или «могучий в вере», что характерно для сложных имён, где тюркский корень соединялся с исламским компонентом.

Русский суффикс -ов превратил это имя в фамилию по стандартной модели: «чей?» — Богутдинов. Такая схема образования типична для фамилий, возникших в среде крещёных татар или русских, живших в тесном контакте с тюркским населением. Географически фамилия тяготеет к Татарстану, Башкортостану, Оренбургской и Челябинской областям, а также к Средней Азии, откуда носители могли мигрировать.

Менее вероятна, но допустима версия, что в основе лежит арабское имя Бахауддин (блеск веры), которое в тюркской среде могло звучать как Богутдин. Однако прямое сопоставление с тюркским «буга» (бык) выглядит убедительнее, так как такие зооморфные корни в личных именах — обычное дело у кочевых народов, где сила животного служила пожеланием для ребёнка.

Сословно носители фамилии в основном относились к крестьянам или мещанам, реже — к купечеству. В дореволюционных переписях Богутдиновы встречаются как государственные крестьяне в Казанской и Уфимской губерниях. Сейчас фамилия редкая, и её обладатели часто интересуются именно этим тюркско-исламским сплавом в своей родословной, который и составляет главную особенность фамилии.