Фамилия Багутдинова — женская форма, а мужская — Багутдинов. Это одна из тех фамилий, где суффикс -ов присоединён не к чисто русскому корню, а к арабскому имени, что сразу указывает на тюрко-мусульманское происхождение. Искать её этимологию нужно не в славянских прозвищах, а в ономастиконе татар, башкир или других народов, исповедующих ислам, где фамилии на -ов активно образовывались в XIX — начале XX века.

Основа фамилии — мужское имя Багутдин. Это вариант арабского имени Бахауддин (или Баха ад-Дин), что переводится как «красота веры» или «блеск религии». В тюркской среде звучание адаптировали: начальное «Баха» перешло в «Бага» или «Багут», а «ад-Дин» сократилось до «-дин». Получается, что Багутдинов — буквально «сын (или потомок) Багутдина». Имя было популярно у мусульман Поволжья и Приуралья, поэтому фамилия встречается в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях.

Словообразовательная модель здесь классическая для региона: к личному имени добавили русский патронимический суффикс -ов. Это типичный пример того, как после присоединения Казанского ханства и последующей русификации татарская знать и простые общинники получали фамилии по отцу с русскими окончаниями. В отличие от чисто славянских фамилий, где основа могла быть прозвищем или названием ремесла, здесь основа — религиозное имя, что говорит о грамотности и набожности предка, давшего его сыну.

Встречается и более редкая форма — Багаутдинов, где арабский корень сохранён точнее. Но Багутдинов — это уже местная фонетическая норма, где гласный выпал для удобства произношения. Фамилия не имеет отношения к русскому слову «багаж» или чему-то подобному: это чисто ономастический случай, когда внешнее сходство вводит в заблуждение. Предки носителей фамилии, скорее всего, были муллами, торговцами или крестьянами, но сословную принадлежность по одной фамилии без архивов установить трудно — слишком широка география.