Фамилия Бохенек — редкий пример фамилии, образованной от названия птицы, но не через прямое прозвище, а через уменьшительную форму. В её основе лежит польское слово «bochenek» — «буханка», «каравай». Однако в данном случае, с высокой вероятностью, мы имеем дело с фонетическим вариантом от «bocianek» — «аистёнок» или «аист» (польск. bocian). Переход «ц» в «х» (bocian → bochian) — характерное явление для польских говоров, особенно мазовецких и малопольских. Таким образом, Бохенек — это «маленький аист» или ласковое прозвище человека, чем-то напоминавшего аиста: длинноногого, высокого или, возможно, носившего бело-чёрную одежду.

Суффикс «-ек» (в польской орфографии -ek) — типичный уменьшительно-ласкательный. Фамилии на «-ек» в польской ономастике нередко фиксировали прозвища детей или людей небольшого роста, но здесь он скорее смягчает основу, делая прозвище не обидным, а бытовым. В русском контексте фамилия могла появиться после разделов Речи Посполитой, когда польские фамилии входили в обиход на западнорусских землях. Встречается она преимущественно в юго-западных регионах бывшей Российской империи — на Волыни, в Подолье, а также в современной Польше.

Есть и менее вероятная версия — от немецкого «Bucheneck» (буковый угол), но она не объясняет уменьшительного суффикса и не подтверждается географией бытования. Носители фамилии Бохенек — это, скорее всего, потомки крестьян или мещан из польско-украинского пограничья, получившие прозвище по внешней примете или профессии, связанной с птицами (например, ловчий или пастух). Фамилия не дворянская, не татарская и не искусственная — она выросла из живого разговорного языка.