Фамилия Бокижонова — редкий случай, когда женская форма встречается чаще мужской в документах и поисковых запросах. Это сразу указывает на то, что фамилия скорее всего образована от восточного мужского имени или прозвища, а окончание -а — это стандартный русский грамматический показатель женского рода (жена или дочь Бокижона). Мужской вариант — Бокижонов.

Разбор фамилии ведет нас в Среднюю Азию, в сферу тюркских и иранских языков. Основа «Боки» — это, скорее всего, диалектная или фонетическая форма имени Баки. Имя Баки (араб. باقی) означает «вечный», «бессмертный», «остающийся» — один из эпитетов Аллаха в исламе. Второй элемент «жон» (от перс. جان — «душа», «жизнь», «дорогой») — очень распространный ласкательный или уважительный компонент в узбекских, таджикских, каракалпакских именах (сравните: Турсунжон, Абдуллажон, просто «жон» как обращение). Сложение этих частей дает значение «дорогой, как вечность» или «вечная душа». Скорее всего, это не полное имя, а ласкательное обращение к человеку по имени Баки, которое со временем закрепилось как фамилия.

Суффикс -ов (и его вариант -ев) в этой фамилии — классический русский патронимический формант, который в XIX-XX веках массово присоединяли к тюркским и иранским основам при оформлении фамилий в документах Российской империи и СССР. Таким образом, перед нами гибридная модель: восточное имя + русский суффикс принадлежности.

Географически фамилия Бокижонова распространена в Узбекистане, Таджикистане, а также среди узбекской диаспоры в России и Казахстане. Встречаемость в русскоязычной среде связана с миграцией и смешанными браками. Носительницы фамилии — почти наверняка потомки людей, живших в Ферганской долине или Ташкентском оазисе, где такие двухосновные имена с «жон» особенно типичны для городской и ремесленной среды конца XIX — начала XX века. Сословно это могли быть ремесленники, мелкие торговцы или служащие — фамилия не несет признаков аристократического происхождения, а отражает бытовую именную традицию.