Фамилия Боковцова — женская форма, а её мужской вариант Боковцов. В центре внимания здесь не корень, а суффикс, который сразу выдает происхождение. Модель «основа + -овец + -ов» (или -ев) характерна для прозвищ, которые сначала превращались в фамилии через суффикс принадлежности. То есть предка могли звать Боковец, а его потомков — Боковцовы. Суффикс -овец в русских прозвищах часто указывал на выходца из какого-то места или на человека с характерной чертой, реже — на профессию.

Корень «бок» многозначен. Самая прямая версия — географическая: Боковым могли называть человека, жившего на боку (склоне) холма, на боковой улице или у бокового оврага. В говорах «бок» означал и отдельную часть селения, отдалённый конец деревни. Тогда Боковец — «тот, кто с боку», житель окраины. Вторая версия — по физической особенности: боковцом в некоторых регионах дразнили человека с кривой осанкой, с перекошенным боком или того, кто ходит боком. Третья, менее вероятная, — отчество от имени Бок, которое могло быть сокращением от Богдан или от прозвища Бок (например, задира, который любит «под бок» подойти).

Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Боковцо́ва. Фамилия редкая, её нет в массовых списках дворянских родов. Географически следы ведут в центральные области России и на юг — в казачьи регионы, где фамилии на -овцов встречаются чаще. В словаре Б. Унбегауна модель на -овец/-овцов описана как типичная для прозвищ, перешедших в фамилии, но конкретно Боковцов не упоминается — это говорит о локальном, нестоличном бытовании.

Если сравнивать с однокоренными: фамилия Боков (от «бок» или от имени Бок) встречается в разы чаще и не несёт суффикса -ец. Боковцов же — более сложная, «двойная» форма, которая как бы консервирует прозвище предка: он был не просто Бок, а именно Боковец, то есть «человек с боку» или «боковой». В этом и состоит уникальность фамилии: она не простая, а производная, и её носитель с большой вероятностью ведёт род от одного конкретного человека с таким прозвищем, а не от целого рода Боковых.