Фамилия Бокуняева — женская форма фамилии Бокуняев, и её разбор стоит начать с необычной основы. В русских фамилиях на -ев/-ов чаще всего встречаются корни, связанные с именами, профессиями или прозвищами. Здесь же основа «Бокун» звучит редко и неочевидно. Первое, что приходит в голову, — связь с диалектным словом «бокуня». В некоторых говорах так называли человека с кривой шеей или того, кто ходит боком, прихрамывает. Прозвище Бокун могли дать за характерную походку или осанку. В этом случае фамилия образовалась по простой модели: прозвище + суффикс -ев (чей? — сын Бокуна).

Есть и вторая версия, более прозаическая. Бокуняев мог возникнуть от имени Бокун — уменьшительной формы от канонического имени Абакум (в народной форме Бокун). Абакум — древнееврейского происхождения, означает «обнимающий». В русской традиции имя часто сокращали до Бокун, Бокунька. Тогда фамилия — это просто «сын Бокуна», то есть потомок человека по имени Бокун.

Географически фамилия редкая. Основные очаги — юг России и Украина, где диалектные формы имён и прозвищ сохранялись дольше. В дореволюционных переписях Бокуняевы встречаются в Воронежской и Курской губерниях, а также среди казачества. Суффикс -ев указывает на великорусское происхождение: на Украине была бы форма Бокуненко или Бокуняк.

С точки зрения словообразования фамилия нестандартна: основа на -ун («бокуня») встречается реже, чем на -ун («бокунец»), что делает её более архаичной. В словаре Б. Унбегауна похожие примеры (Кривуня, Горбуня) подтверждают, что такие прозвища были живыми в XVI–XVII веках.

Итог: предок носителя фамилии, скорее всего, был либо человеком с заметной особенностью походки, либо носителем редкого имени Бокун. Фамилия недворянская, крестьянская или казачья, что типично для прозвищных основ.