Фамилия Болескина — редкий случай, когда женская форма закрепилась в документах прочнее мужской. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Болеска, а суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей сын?» — Болескин. Мужской вариант — Болескин — тоже существует, но встречается реже.

Самое вероятное происхождение корня — от глагола «болеть» в старом значении «заботиться, печься, страдать». Болеской могли назвать человека жалостливого, тревожного, постоянно переживающего за других. В северных и сибирских говорах «болеть» означало также «сильно хотеть, томиться желанием» — отсюда могло пойти прозвище для нетерпеливого или страстного по натуре человека.

Менее убедительна связь с польским или западнославянским именем Болеслав. Для фамилии Болескина такая версия требует допущения, что основу сократили до Болеска, а суффикс -ин при этом вытеснил более типичный для польских фамилий -ский. Это возможно, но натянуто: в русской среде Болеска как самостоятельное имя не фиксируется.

Географически фамилия тяготеет к Вологодской и Архангельской областям, а также к Вятке. В этих краях «болеть» в смысле «болеть душой, хворать заботой» было в ходу. Предок Болескиных, скорее всего, жил на севере или северо-востоке Руси и получил прозвище за характер — мягкий, участливый или тревожный. Сословной привязки нет: так могли прозвать и крестьянина, и посадского человека, и церковнослужителя.