Фамилия Болиджан — редкая, и её происхождение неочевидно. Скорее всего, она не исконно русская, а пришла из языков народов Средней Азии или Кавказа. Основу «Болиджан» можно разложить на две части. Первая — «боли» — восходит к тюркскому «бол» (будь, стань) или к персидскому «боли» (великий, большой). Вторая — «джан» — очень распространённый в тюркских и иранских языках компонент, означающий «душа» или «жизнь», часто используемый в именах и ласковых обращениях (ср. азербайджанское «джан», узбекское «жон»). Таким образом, Болиджан могло быть личным именем-пожеланием, что-то вроде «будь (великой) душой» или «стань душой». Русский суффикс -ов отсутствует, фамилия застыла в форме самого прозвища или имени.

В русской среде такие фамилии обычно появлялись у обрусевших потомков выходцев из Закавказья или Средней Азии, которые переселялись в Российскую империю в XIX — начале XX века. Встречается она в основном на юге России и в Поволжье, где были исторические контакты с тюркскими народами. В отличие от фамилий на -ов или -ин, которые массово образовывались у крестьян после отмены крепостного права, Болиджан — пример фамилии, которая не прошла через русскую модель патронимии, а сохранила исходную иноязычную форму.

С точки зрения словообразования, это чистая основа без аффиксов. Носители фамилии могли быть купцами, ремесленниками или служащими, которые переехали в русские губернии и закрепили своё прозвище как фамилию. В документах начала XX века встречаются единичные записи о людях с такой фамилией в Астраханской и Ставропольской губерниях. Сегодня Болиджан — большая редкость, и её носители, скорее всего, помнят о восточных корнях семьи.