Фамилия Болхудере — редкая и неочевидная по происхождению. Чтобы понять её корни, придётся рассмотреть сразу несколько версий, и ни одна из них не лежит на поверхности.

Самое вероятное объяснение — фамилия образована от прозвища или мирского имени, связанного с тюркскими языками. В них «бол» означает «будь», «стань», а «худере» или близкое по звучанию слово могло обозначать какое-то качество или предмет. Например, в некоторых тюркских диалектах «худай» — «бог», «господин», а «ере» — «земля», «место». Тогда «Болхудере» могло означать «будь на месте Бога» или «будь владыкой земли» — не имя, а пожелание-оберег, которое давали ребёнку, чтобы он вырос сильным и удачливым. Такие составные имена-пожелания характерны для татар, башкир, казахов и других тюркских народов.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с географическим названием. В Закавказье и на Северном Кавказе есть топонимы, в которых слышен корень «болх» (например, Болх — древний город в Ингушетии, или Болхское ущелье). Если предок носителя фамилии был выходцем оттуда, прозвище «Болхудере» могло означать «житель Болха» или «человек из ущелья Болх». Суффикс «-ере» в таком случае — искажённое тюркское «эр» (человек, мужчина) или грузинское окончание.

Словообразовательная модель фамилии нестандартна для русских фамилий. В ней нет привычных суффиксов -ов, -ин, -ский. Фамилия застыла в форме прозвища, что типично для фамилий, которые зафиксировали в документах без переоформления в притяжательную форму. Такое часто встречалось у народов Поволжья и Приуралья, где русские писцы записывали татарские или башкирские имена на слух, не меняя окончания.

География фамилии сегодня очень узкая. Носители фамилии Болхудере встречаются преимущественно в Астраханской области и в республиках Северного Кавказа. Это подтверждает тюркскую или кавказскую версию происхождения. Сословная принадлежность предков могла быть разной — от крестьян до мелких служилых людей, но достоверных данных об этом нет.

Из-за редкости фамилии и отсутствия упоминаний в классических ономастических словарях (Унбегауна, Никонова, Веселовского) любая трактовка остаётся гипотетической. Но если отталкиваться от лингвистической логики, то версия о тюркском имени-пожелании выглядит наиболее убедительной: она объясняет и состав слова, и регион бытования, и нестандартную форму.