Фамилия Болонникова — женская форма, а мужская, Болонников, образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: от основы через суффикс -ов/-ев или -ин. Здесь суффикс -ов, указывающий на принадлежность: Болонников — сын Болонника, то есть человека, которого в окрестностях знали под прозвищем или именем Болонник. Сама основа восходит к слову «болонка» — так в ряде русских говоров называли болонку, маленькую комнатную собачку. Но прямое значение могло быть и другим: «болонка» в диалектах означала также «болтушка», «пустомеля», а в некоторых областях — «жительница болота» (от «болонь» — низкое, влажное место, пойма).

Скорее всего, прозвище Болонник дали человеку, который либо держал болонок, либо по характеру напоминал эту породу — был суетливым, звонким, неугомонным. В пользу бытового, а не географического происхождения говорит суффикс -ник, типичный для прозвищ по занятию или свойству: мельник, плотник, сапожник. Болонник — не житель Болоньи, а тот, кто связан с болонками или с бранным словом «болонка» в значении «пустозвон».

Фамилия довольно редкая, встречается преимущественно в центральных и южных областях России, особенно в Воронежской и Ростовской. В дореволюционных переписях Болонниковы фиксировались в среде крестьян и мещан, что типично для фамилий, образованных от прозвищ, а не от канонических имён. Никакого отношения к итальянскому городу Болонья или к названию ткани «болонья» (которая вошла в обиход только в XX веке) фамилия не имеет — это случайное звуковое совпадение.

Искать в фамилии Болонникова глубокий дворянский или иностранный след не стоит: перед нами прозвище, уходящее корнями в народную речь, где собачьи клички и свойства характера легко переходили в родовые имена.