Фамилия Болонников — один из тех случаев, когда прозвище предка надежнее выводить из названия ремесла или предмета, чем из имени или географического названия. В её основе лежит слово «болонка». В современном языке это исключительно порода собак, но в русских говорах, особенно на севере и в Сибири, «болонкой» называли не только собачку, но и особую верхнюю одежду — женскую короткую распашную шубку, отороченную мехом. Слово это, кстати, пришло из польского (boloński — «болонский», от итальянского города Болонья, славившегося тканями и мехами).

Таким образом, Болонников — это, скорее всего, не «собачник», а человек, имевший отношение к изготовлению или продаже такой одежды: скорняк, портной, торговец мехом. Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ник указывает на лицо по роду занятий (ср. сапожник, плотник, охотник), а -ов — притяжательный суффикс, превращающий прозвище в фамилию. Дословно: «сын Болонника», то есть сын человека, которого за ремесло прозвали Болонник.

Версия с собакой менее вероятна, но полностью исключать её нельзя: прозвище Болонка могли дать человеку за маленький рост, пушистые волосы или вздорный нрав. Однако фамилия Болонников, а не Болонкин, говорит скорее в пользу профессионального значения. Суффикс -ник в прозвищах по внешним признакам встречается реже, чем в названиях ремесел. Встречается фамилия преимущественно в центральных и северных областях России, где было развито скорняжное дело, а слово «болонка» в значении «шуба» было в ходу.

Спорная версия — связь с рекой Болонь или городом Болонья в Италии. Но для крестьянской России XVIII–XIX веков прозвище «итальянец» было бы крайне экзотичным, а фамилии от названий итальянских городов почти не встречаются. Поэтому от этой гипотезы лучше отказаться: она красивая, но бездоказательная. Итак, предок носителя фамилии Болонников почти наверняка был мастером по меху или торговцем, который шил или продавал короткие шубки — болонки.