Фамилия Болонний — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Первое, что бросается в глаза, — необычное окончание. В русской фамильной системе суффикс -ий чаще всего указывает на прилагательное, но здесь он стоит после корня, оканчивающегося на -н. Это наводит на мысль, что перед нами не типичная «патронимическая» фамилия (типа Иванов, Петров), а скорее прозвищная, оформленная как притяжательное прилагательное.

Скорее всего, в основе лежит прозвище Болонный. В русских говорах слово «болонь» (или «болонье») имело несколько значений. В центральных и южных областях так называли пойменный луг, низину, заливаемую водой, или вообще открытое, ровное место. В северных говорах «болонь» — это молодой лес или поросль на вырубке, а также мякина, отходы при обмолоте. Человек мог получить прозвище Болонный, если жил на таком лугу, владел им или, по другой версии, занимался подсечным земледелием на болонях. Менее вероятно, но возможно, что прозвище связано с диалектным «болонь» в значении «непоседа» или «пустомеля» — в таком случае характер человека дал фамилию.

Суффикс -ий в данном случае работает как в фамилиях Рязанский, Волынский — указывает на принадлежность к местности. Но в отличие от них, Болонний образован не от названия города, а от нарицательного слова. Есть и другая, менее распространённая версия: фамилия могла возникнуть из украинского или белорусского прозвища Болонний, где «болон» — это нечто круглое, выпуклое (от «болванка»), но это предположение слабее, так как для него нет устойчивой диалектной базы.

Географически фамилия Болонний встречается крайне редко, в основном в южных и центральных областях России, а также на Украине. Это говорит о том, что она не получила массового распространения и, вероятно, возникла локально, в одном или нескольких сёлах. Носители фамилии — потомки крестьян или однодворцев, живших на «болони», то есть на пойменных лугах. Никаких дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что полностью соответствует её «географическому» и прозвищному происхождению.