Фамилия Болоний — редкий случай, когда у фамилии есть как минимум две совершенно разные версии происхождения, и обе имеют право на существование.

Первая версия связывает фамилию с гидронимом — названием озера Болонь в Хабаровском крае. Это крупный водоём в нижнем течении Амура, а в центре озера находится остров Ядасен, известный древним вулканом. По этой версии, основатель фамилии Болоний был выходцем из селения на берегах этого озера. Модель образования проста: прозвище по месту жительства — Болоний (то есть «с Болони») — со временем закрепилось как фамилия. Такая схема типична для русских фамилий, образованных от названий рек и озёр (Волгин, Ильинский, Онегин).

Вторая версия выводит прозвище Болоний из старого слова «болона». В русских говорах у него было несколько значений: «оболочка», «голова палицы», «брюшная часть говядины», а также «приставной зимний ставень для тепла, иногда обитый войлоком». Если прозвище пошло от этого корня, оно могло указывать на род занятий предка: воина (бил болоной — утолщённым концом дубины), мясника (разделывал болону — брюшину), строителя или мастера по изготовлению окон (ставил болоны — ставни). Либо, что тоже вероятно, прозвище отражало характер: «болоной» могли назвать замкнутого, осторожного человека — как за ставнями, отгородившегося от мира.

Какая из двух версий правдоподобнее? Всё зависит от географии. Если корни семьи ведут в Сибирь или на Дальний Восток, версия с озером Болонь выглядит естественной. Если же носители фамилии традиционно жили в центральной или южной России, логичнее предположить прозвище от «болона». Слово «болона» встречается в памятниках древнерусской письменности, а вот топоним Болонь — локальный, дальневосточный.

Фамилия образована с помощью типичного русского суффикса -ий, который в данном случае работает как притяжательный: Болоний — «сын Болоня» или «человек Болоня». По своему строению она напоминает фамилии вроде Голый, Босой, Косой, где основа — качественное прилагательное или прозвище, а окончание указывает на мужской род.