Фамилия Болоничева — женская форма, а мужская, Болоничев, встречается реже, но именно от неё идёт отсчёт. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Болоня, а точнее — Болоныч. Так на Руси могли назвать человека по месту жительства: «болонь» (или «болонье») в древнерусских говорах означало низкое пойменное место, луг у реки, заливаемый в половодье. Слово родственно «оболонь» — пойменный луг, и до сих пор живёт в топонимах: есть село Болонь в Рязанской области, река Болонья, а в Пскове сохранилось урочище Болонье. Значит, Болоныч — это «житель с болони», то есть человек, чей дом стоял на сырой низине у воды.

Суффикс -ыч в основе — редкая деталь. Обычно русские фамилии образуются через -ов/-ев или -ин, но здесь промежуточное звено — отчество Болоныч. Такая патронимическая модель (прозвище отца + -ич) характерна для северных и новгородских земель, где долго держался обычай называть людей по отцу с окончанием на -ич, даже у крестьян. Фамилия Болоничев, скорее всего, сложилась именно там: в новгородских или тверских говорах, а не в центральной России. Позже, при переписях, форма закрепилась через суффикс -ев: Болоныч → Болоничев (сын Болоныча).

Вторая, менее вероятная версия, выводит фамилию от слова «болонка» — так в некоторых диалектах называли небольшую собачку, болонку. Но тогда основа была бы Болонк-, и фамилия выглядела бы как Болонкин или Болонков. Вариант Болоничев к «болонке» не привязать: суффикс -ыч из собачьего прозвища не образуется. Поэтому версия с пойменным лугом надёжнее и подтверждается географией.

Фамилия редкая. В современных справочниках и телефонных базах она встречается точечно — в основном в центральных областях России и на Урале, куда переселенцы с северо-запада принесли свой говор. Сословной привязки нет: Болоничевы могли быть и крестьянами, и мещанами. Смысл фамилии — «потомок того, кто жил на болони» — сохраняет память о ландшафте, в котором предки обустроили свой дом.