Фамилия Болонихины принадлежит к числу русских фамилий, образованных по модели «прозвище + суффикс -ин». Суффикс -ин указывает на принадлежность: Болонихин буквально значит «сын (или потомок) Болоники». Основа фамилии — женское прозвище Болониха, а оно, в свою очередь, восходит к слову «болона».

Вот тут и начинается главный интерес. Слово «болона» в старых русских говорах многозначно. Это и «оболочка», «плёнка», и «голова палицы» (утолщение на конце дубины), и «брюшная часть говядины». Ещё одно значение — «приставной зимний ставень», который для тепла иногда обивали войлоком. Каждое из этих значений могло стать источником прозвища. Если прозвище Болониха дали человеку по характеру, то, скорее всего, имели в виду «оболочку» — намёк на замкнутость, необщительность, робость. Если же прозвище было профессиональным, то предок мог быть мясником (разделывал «болону»), воином (бил «болоной» — палицей) или мастером, делавшим ставни.

Есть и другая версия, более редкая. Фамилия Болонихины может быть связана не с прозвищем, а с географическим названием — гидронимом Болонь. Так называется озеро в Хабаровском крае. В таком случае фамилия указывала бы на выходца с берегов этого озера. Однако эта версия менее правдоподобна: фамилии, образованные от названий дальневосточных озёр, — большая редкость для центральной России, где фамилия Болонихины встречается чаще.

Точное время и место возникновения фамилии установить сложно, но ясно одно: перед нами не случайный набор звуков, а слово, за которым стоит конкретная бытовая или профессиональная деталь из жизни предка.