Фамилия Бомкина — женская форма фамилии Бомкин. Её основа, скорее всего, восходит к прозвищу или мирскому имени Бомка. Такое имя могло звучать как уменьшительно-ласкательное от Борис или Богдан, но с необычным суффиксом. В русских говорах слово «бомка» иногда означало «бомж» или «бродяга» — от глагола «бомкать» (стучать, бренчать), но вряд ли это стало основой для фамилии: такие прозвища обычно не закреплялись в качестве родовых имен. Правдоподобнее версия, что Бомка — это вариант крестильного имени Варфоломей (в просторечии Фома, Фомка; через чередование Ф/Б могло дать Бомку). Этот путь образования фамилий — от сокращённых форм церковных имён — типичен для крестьянской среды XVII–XIX веков. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Бомкин, то есть сын или потомок Бомки.

Фамилия редкая, её география ограничена. В дореволюционных источниках Бомкины встречаются в основном в центральных и северных губерниях России, например в Вологодской и Костромской. Встречается вариант написания с одной «м» — Бокина, но это уже другое происхождение (от имени Бока). Носители фамилии Бомкина могли быть крестьянами или мещанами, но точных сведений о сословной принадлежности нет. Ономастические справочники (например, работы В. Никонова) обходят эту фамилию стороной, что подтверждает её локальный и нечастый характер.