Фамилия Бомке (в немецком написании — Boehmke) образована от аналогичного прозвища. Оно происходит от слова Böhmen, немецкого названия Богемии (верхненемецкий вариант написания — Böheim, Bēheim). Вероятно, прозвище Бомке получил выходец из Богемии (сейчас это западная часть Чешской республики). Название этой исторической области происходит от названия кельтских племен, населявших эту территорию в течение нескольких веков и позднее вытесненных германскими племенами. В 1526—1918 «Богемия» — официальное название Чехии (без Моравии) как части Габсбургской империи. Однако не исключено, что прозвище Бомке происходит от нижненемецкого слова Bōm - «дерево». В таком случае рядом с домом основателя рода Бомке могло расти большое дерево.