Фамилия Бонакер — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение почти наверняка не связано со славянскими корнями. Если вы встретили её в России, то, скорее всего, перед вами фамилия иностранного, а именно еврейского (ашкеназского) происхождения. Её основа — немецкое или идишское слово «Бонакер» (Bonaker), которое является вариантом топонимической фамилии. Она образована от названия города Бонн (Bonn) в Германии с добавлением суффикса «-акер» (-aker), что на идише и в некоторых немецких диалектах означает «поля» или «угодья». Таким образом, Бонакер — это «человек из Бонна» или «тот, кто владел полями близ Бонна». В русской записи фамилия сохранила исходное звучание, не обрастая типичными славянскими суффиксами вроде -ов или -ин, что сразу указывает на её позднее появление и нерусскую природу.

Второй, менее распространённый вариант — фамилия могла возникнуть как профессиональное прозвище. В немецком языке «Bonaker» (от «Bohne» — боб и «Acker» — поле) могло означать «бобовое поле» или, в переносном смысле, «крестьянин, выращивающий бобы». Однако такая версия менее вероятна, так как в фамилиях чаще закрепляется указание на место, а не на конкретную культуру.

В России фамилия Бонакер встречается крайне редко. Её носители, как правило, потомки еврейских переселенцев из Германии или Австро-Венгрии, которые появились в Российской империи в XIX — начале XX века. Географически такие фамилии чаще фиксировались в западных губерниях (нынешние Беларусь, Украина, Прибалтика) и в крупных городах, где существовали еврейские общины. Одно из немногих известных упоминаний — фамилия Бонакер встречается в метрических книгах еврейских общин Одессы и Киева конца XIX века.

Словообразовательно фамилия стоит особняком: она не имеет ни славянского суффикса, ни окончания, привычного для русского уха. Это так называемая «чистая» основа, которая в русском языке не склоняется по падежам (Бонакер, Бонакеру, Бонакером). Если бы фамилия обрусела, она могла бы превратиться в Бонакеров или Бонакерский, но этого не произошло, что говорит о её относительно недавнем появлении в русской среде.