Фамилия Банакер — редкий случай, когда польская и грузинская языковые традиции сошлись в одной словообразовательной модели. В основе, скорее всего, лежит польская форма канонического имени Бенедикт (от латинского benedictus — «благословенный»), а именно — Банак или Банах. Такие сокращённые варианты были обычны в польской и западнорусской ономастике: от полного имени отсекали часть, а к оставшейся основе добавляли уменьшительный суффикс. Однако есть и вторая версия, которая обращает внимание на звуковое совпадение с грузинским словом «banak’i» — «полк», «стан». В этом случае прозвище Банакер могло указывать на военного, человека, связанного с армией или походным лагерем.

Фамилия образована по польской модели с суффиксом -ер, который в русской среде встречается редко и обычно указывает на западнославянское или еврейское происхождение. В польском языке суффикс -er часто присоединялся к прозвищам для обозначения лица по характерному признаку или занятию. Таким образом, Банакер — это не просто «потомок Банака», а человек, которого так прозвали за связь с именем Бенедикт или за воинскую службу.

Стоит отличать эту фамилию от более распространённой русской фамилии Банаков. Банаков, как правило, связывают с диалектным глаголом «банить» (мыть, чистить) или с армянским «банак» (армия). У Банакер же иная география и иной суффиксальный строй: она тяготеет к западным регионам бывшей Речи Посполитой, где смешивались польские, украинские и еврейские антропонимические традиции. Фамилия остаётся малочисленной и не имеет широко известных носителей, что только подчёркивает её локальный, камерный характер.