Фамилия Банаков образована от имени или прозвища Банак. Самая вероятная версия связывает её с крестильным именем Урбан. В народной речи Урбан превратился в Урвана, а от него возникла сокращённая, «домашняя» форма Банак. Исходное латинское имя Urbanus означало «городской» или «вежливый». В православных святцах известен мученик Урван, пострадавший за веру в VI веке — его память отмечают 5 сентября.

Менее распространённая гипотеза выводит фамилию из армянского языка, где «банак» значит «армия» или «лагерь». В таком случае прозвище Банак могли дать физически крепкому, мужественному человеку, возможно, связанному с военным делом.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: суффикс -ов указывает на принадлежность — «сын Банака». Эта модель преобладает в центральных и северных областях России. География фамилии неширокая, что говорит о её локальном происхождении, скорее всего, в среде крестьян или посадских людей.

Интересная деталь: имя Урбан (и его производные) в русской традиции встречается редко, поэтому фамилия Банаков стоит в ряду таких же редких «усечённых» фамилий, как, например, Ванаков или Панков, где исходное полное имя сократилось до неузнаваемости.