Фамилия Банаканова — одна из тех, что ставит исследователя перед загадкой уже на уровне корня. В русском языке нет слова «банакан» или «банакать», поэтому первая и самая естественная версия — иноязычное происхождение. Скорее всего, фамилия тюркская или кавказская. Основа «банак» может восходить к тюркскому «бана» — «мне», «для меня», но в качестве прозвища это маловероятно. Куда правдоподобнее связь с арабским словом «бана́к» (банк, хранилище) или с персидским «банак» (строение, дом). В таком случае прозвище Банакан могло означать «домовладелец», «хозяин», «строитель» или относиться к человеку, который имел отношение к торговле или финансам.

Суффикс «-ов» (в женском роде «-ова») указывает на русскую модель образования — «чей?» — то есть «сын (или дочь) Банакана». Это типично для фамилий, которые возникли у народов, вошедших в состав Российской империи и принявших русскую фамильную форму. Встречается фамилия в Татарстане, Башкортостане, а также среди народов Дагестана и Чечни, где тюркские и кавказские имена смешивались с русским документооборотом.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с диалектным словом «банакать» (бормотать, говорить невнятно) или «банака» (болтун, пустомеля). Такие прозвища давали за характер. Однако в словарях русских говоров этот корень не зафиксирован широко, поэтому версия остается гипотетической.

В любом случае, фамилия Банаканова редкая и не попала в массовые справочники. Её носители — скорее всего потомки людей, получивших фамилию при переписях XIX — начала XX века, когда русские чиновники записывали местные прозвища на слух, прибавляя стандартное окончание.