Фамилия Банакин образована от прозвища или неканонического имени Банака. Основа здесь — диалектное слово «банака», которое в ряде русских говоров (особенно южных и юго-западных) означало «болтун», «пустомеля», «говорун». Человек, получивший такое прозвище, вероятно, отличался словоохотливостью или любил рассказывать небылицы. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Банакин — «сын Банаки», то есть потомок человека с таким прозвищем.

Менее вероятная, но допустимая версия связывает фамилию с тюркским корнем «бана» (молитва, благословение) или с диалектным «банать» (говорить, беседовать). Однако в русской ономастике первая версия считается основной, так как фамилии от прозвищ с суффиксом -ин массово возникали в XV–XVII веках именно на основе местных говоров. Связь с церковным именем здесь маловероятна — в святцах имени Банака нет.

Фамилия Банакин встречается в основном в центральных и южных областях России, а также в Поволжье. По данным переписей XIX века, носители фамилии чаще всего были крестьянами и мещанами. Встречаются и однокоренные фамилии: Банаков (с суффиксом -ов, характерным для других регионов), Банакаев, Банакинский. География бытования позволяет предположить, что предки современных Банакиных жили в зоне распространения южнорусских говоров, где слово «банака» было в ходу.