Фамилия Банакина принадлежит к распространённому типу русских фамилий, образованных от женского имени или прозвища с помощью суффикса -ин. Эта модель означает принадлежность: Банакина — «дочь (или жена) Банаки». Основа здесь — прозвище Банака, которое, скорее всего, имело диалектное или профессиональное происхождение.

Наиболее правдоподобная версия связывает корень с глаголом «банать» — в русских говорах так называли пустословить, болтать или настойчиво просить. Человек, получивший прозвище Банака, мог быть говорливым, назойливым или, наоборот, тем, кто любил «банить» в смысле сплетничать. В некоторых регионах «банакой» называли и плаксу, капризного ребёнка — от подражательного детского слова «ба-ба» (плакать). Менее вероятна, но возможна связь с тюркским «бана» (я, мне) или с именем собственным Бану (арабского происхождения), но в русской среде такое прозвище скорее бы закрепилось как уменьшительное от канонического имени Варнава (в народной форме Банава).

Географически фамилия Банакина встречается не повсеместно, а тяготеет к центральным и северным регионам России, где сохранились архаичные говоры. Встречается она и в форме Банакин — мужской вариант, от которого женская фамилия неотделима. Интересно, что в дореволюционных переписях попадаются крестьяне и мещане с этой фамилией, что указывает на её демократическое происхождение: никакого дворянского или духовного следа за ней не числится.

Словообразовательно фамилия примечательна тем, что суффикс -ин в ней присоединяется к основе, оканчивающейся на гласный (Банак-а), что типично для прозвищ, а не для полных имён. Это говорит о том, что предок носителя фамилии был известен в своей общине именно под этим ярким, возможно, нелестным, но запоминающимся прозвищем.