Фамилия Банагина — женская форма от Банагин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или неканонического имени Банага. В русском языке суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Банагин, то есть сын или потомок Банаги. Это одна из самых распространённых словообразовательных моделей для фамилий, возникших из прозвищ.

Корень «банаг» — редкий и неоднозначный. Скорее всего, он восходит к диалектному слову «банага» или «банак», которое в некоторых говорах означало «болтун», «пустомеля» или «хвастун». В этом случае прозвище Банага дали говорливому, не в меру болтливому человеку. Подобные прозвища по чертам характера были очень распространены в крестьянской среде: Языков, Говоров, Балаболкин — все они из того же ряда, что и Банагин.

Версия о связи с тюркским словом «бана» (я, меня) или с каким-либо географическим названием выглядит маловероятной. Для прозвища такое значение слишком абстрактно, а в русских говорах есть более прямое и понятное объяснение. Кроме того, фамилия встречается преимущественно в центральных и северных областях России, где диалектное слово «банага» было в ходу.

Сословно фамилия Банагин, скорее всего, крестьянская или мещанская. Дворянские роды с такой фамилией в исторических документах не прослеживаются. Это фамилия человека, чей предок выделялся среди односельчан не знатностью, а характером — возможно, тем, что любил «банажить», то есть болтать без умолку.